Обухов проходит обвиняемым по уголовному делу, ему назначены ограничительные меры в виде запрета определенных действий. 9 июля телеграм-каналы сообщили, что с депутата досрочно сняли электронный браслет.
Анатолия Обухова задержали в июле 2025 года, его и других людей обвинили в мошенничестве в особо крупном размере или совершенном группой лиц. Сообщалось, что речь о махинациях с депутатскими выплатами, связанными с компенсацией транспортных расходов. Сам Обухов утверждает, что подписи фигурантов, включая его собственную, подделаны.
В президиуме ЦК КПРФ после задержания Обухова предположили, что его преследование может быть связано «с желанием дискредитировать КПРФ» перед губернаторскими выборами, на которых оппонентом главы региона единоросса Игоря Кобзева был бывший губернатор, коммунист Сергей Левченко.
Анатолий Обухов стал депутатом Заксобрания в сентябре 2023 года. Он прошел по партийным спискам КПРФ. В мае 2024 года по его инициативе на горе Киткай возле поселка Новая Уда появилась надпись «Сталин». На материалы потратили 258 тысяч рублей.